O aluno deverá constituir seu conjunto de disciplinas tendo em vista a escolha de dois campos de especialização. Várias linhas de pesquisa têm sido desenvolvidas dentro do programa do IPE, conhecido por seu pluralismo teórico, temático e metodológico. Destacam-se entre as áreas de especialização:

· Desenvolvimento Econômico
· Economia Agrícola
· Economia Brasileira
· Economia da Educação
· Economia da Nutrição
· Economia da Saúde
· Economia da Tecnologia
· Economia do Meio Ambiente e Energia
· Economia do Trabalho e dos Recursos Humanos
· Economia Monetária e Financeira
· Economia e Organização Industrial
· Economia Regional e Urbana
· Economia Internacional e Comércio Exterior
· Finanças Públicas
· História das Idéias Econômicas
· História Econômica
· Índices Conjunturais
· Teoria Econômica (Macro e Microeconomia)